1895年10月20日，日軍攻城前夕，巴克禮博士接受臺南居民懇求前往與日軍交涉和平入城

1895年日本依馬關條約取得臺灣後，派兵來臺接收，遭到臺灣民主國等反抗勢力的抵抗，史稱乙未戰爭或征臺戰役。日軍由北往南推進，到了戰役後期逐漸逼近臺南，並在枋寮及布袋嘴又增援兩隻部隊上岸，預計在10月23日於臺南周邊集結後三方包夾，與安平港外艦隊一同對臺南發動總攻擊。而駐守在臺南的臺灣民主國領袖劉永福於10月19日搭船逃離臺灣，臺南、安平陷入一片混亂，人人自危。

臺南城內重要人士決定去與日軍交涉，告知劉永福已逃離無攻城的必要，但要讓日軍改變軍事計畫談何容易？

為了取信日軍，於是發起和談的蔡夢熊兄弟找到與英國方面友好的同學許廷光，前去與英國領事胡力牆交涉看能否向日軍談談，胡力牆表示自己有官方身分不便出面，請他們去找長老教會宣教師，於是請願民眾就這樣找上巴克禮博士。

受到臺南居民請求，巴克禮也沒有直接答應，而是要求請求者自己寫下要跟日軍說明的「公稟帖」(請願書)，強調他只是轉達臺南居民的意願，而不是自己要去，並且一定要有臺灣人隨行。巴克禮的謹慎，是因為當時臺灣仇外情緒沸騰，基督教會與信徒早被視為通敵的發洩對象，到處有臺人教徒被打被殺。若宣教師跑去見日軍的消息傳出，後果恐怕不堪設想。

最後巴克禮帶著臺南居民寫下的一大疊公稟帖，當晚就由小南門出城，含宋忠堅牧師及城內重要人士在內的一行人拿著英國國旗、燈籠、唱著聖歌在茫茫黑夜中往南走向日軍營區。最後在二層行溪旁今清王宮一帶遭遇日軍前衛，深夜巴克禮被帶去河對岸的太爺庄見第二師團長乃木希典，奇蹟的改變了原本日軍三方集結後對臺南發動總攻擊的軍事計畫，隔日上午日軍和平入城。

一起回憶那一夜，

當我們被遺棄，
城內紛亂、城外大軍壓境。
有人選擇，和我們站在一起。